第一話『ホワイダニット』
　瀬戸内を一望するＨ県僻地に建つ、聖ミシェール女学院。そこに通う中等部一年の少女・咲山巴は、「取り柄といえば勉強ができるくらい」という自称「ごく普通の女の子」。そんな彼女は、ある日『探偵舎』という奇妙な部に、見知らぬ先輩から呼び出される。

第二話『不完全密室』
　探偵舎中等部代表・赫田ちさとに呼び出された巴の前に、高等部代表・弓塚香織が現れ、かつてこの部室で起きたらしい、密室での「少女の首斬り死体」の怪事件の話を聞かされる。巴はそこで「安楽椅子探偵」の隠れた才能を発揮して――？

第三話『ミステリイレストレイン』
　帰路、駅で事故によって遅延した電車を待つ巴。級友ののどかと駄弁りながら、「探偵舎」という部活に誘われた件について悩む彼女は、車内で一つの事に気付き、のどかから借りた携帯で駅へ連絡を入れる。「もしかすると、『犯人』は、この電車の中に乗っているかもしれません」――。

第四話『足りないもの』
　入部を断るつもりの巴ではあったものの、半ば強引に先輩の二年生、科学捜査の達人・カレンに連れ出され、職員室で起きた「侵入、及びハードディスク損壊事件」の調査をさせられる。正直、探偵役なんてやりたくもない巴ではあったが――？

第五話『le Duo du Regret』※連載時『le Duet du Regret』より改題
　何だかんだで部室に居着いてしまった巴は、双子の先輩の大子・福子姉妹から、校内で起きたとある事件の調査へと向かう。果たして、事件の真相は？　そして、双子の姉妹に隠された謎とは？

第六話『救う手、裁く拳』
　探偵舎高等部・黒峯知弥子は、香織を呼び止め、昨晩市内で発生した高層マンションからの自殺事件で、「ダイイング・メッセージ」ではないかと目される携帯サイトの詩を見せる。そこに隠された物は果たして――？

第七話『きつね・たぬき』
　休日の女子寮、カトレア館。そこに住むカレンは、同じく寮生の発明部員ミキが、突如二階から消失した由香里の謎を究明しようと躍起になっているのを、わりと醒めた目で見ていた。そんな事よりもカレンは、他の事が気になっていた――。

第八話『大いなる迷惑』
　高等部の先輩・知弥子と、帰宅途中ばったり出会った巴。「良い所に。手伝え」と引っ張り出された先は、麻薬を取引しているらしい、ヤクザの無人の事務所だった。窓を蹴破って侵入する気まんまんの知弥子をおさえ、どうにか事を荒立てないよう考える巴だったが……？

第九話『クロス・チューン』
　大子とカレンは、休日に部の送別会のための打ち合わせをしていた。しかし、大子の双子の妹・福子がいつまで経っても現れず、電話も通じない。頭を悩ませている所へ、「福子の電話を、隣県のお婆さんが持っている」と、後輩の巴から電話がかかって来た。何故その事を？　そして、いまだ連絡のとれない福子の行方は……？

第十話　閻獄峡ノ序『白蝋地獄』
　昭和29年。Ｈ県警の若き刑事弓塚と、少女探偵・真冬は、謎の全身屍蝋化した「全裸美女死体遺棄事件」を追って、隣県奥地、園桐村へと辿り着く。猟奇にまみれた怪事件の真相とは――!?
　いきなり番外編！

第十一話　閻獄峡ノ破『紅き焔』
第十二話　閻獄峡ノ急『黒墨の帳に』※連載時『約束の地』より改題
　初代部長・真冬の解決した怪事件を追って園桐へ向かった「探偵舎」の面々は、謎の少女・綺羅と、一夜にしてミイラ化した老女の怪死事件と出会う。交錯する過去の事件と現代の事件。そして、因縁の地に隠された謎とは？　連載版からの大幅な改稿で送る、横溝リスペクトっぽい（ぽい？）中編＋長編。

第十三話『殺戮天使』
　普通の大学生・高志は、酔った勢いで犯罪を告白する先輩達の前で、不快感を隠せないでいた。そこに現れた謎の少女によって、運命は、決断は、あらぬ方向へと転がり始め……。高志を挟んで対峙する二人の少女。宿命VS天命。　物語は、第二幕へと突入！

第十四話『イン／アウト』
　クリスマス直前のＨ市内、ばったり出会った巴と香織部長、そして部長の「盟友」ゆず子。ちぐはぐな少女探偵コンビの目の前で突如発生した、侵入不能、脱出不能の廃ビル屋上での怪事件。果たしてそれは――？

第十五話『Moppet's Detective』
　巴、小学校五年の冬。「殺人鬼」事件から一年、いまだ心を開けない茲子と、親友の茄子菜、ソヨカたち小五女子四人の前で起きた、「密室」の怪。解決に乗り出すちびっこ探偵団たちの活躍は如何に？

第十六話『ボーイズ・ミーツ・ガールズ』
　ここは神聖なるマリア様のお庭、子羊たちが如き生徒の通う「男子校」。怠惰と退屈の日々を送る、名門校のおちこぼれ男子高生たちは、その日、女子高生たちと史上最悪の出会いをする。脱出不能の礼拝堂、果たして神父撲殺未遂犯は一体どこに？

第十七話『愛と死と』
　次期科学部部長の理系少女・幸迦は、文學っ気のカケラも無い姉の残した「愛と死と」を綴った詩を発見し、考え込む。「これって、暗号かも？」同じくガチガチに理系な級友、ミキとカレンと共に、解読に乗り出すものの、そこには意外な事態が待ち受ける。

第十八話『幾星霜、流る涯』※連載時『幾星霜の流る涯』より改題
　廻る因果は糸車。入学したばかりの香織は、誰も探偵のいない「探偵舎」で、風変わりな先輩・麻衣と出会いう。蜜月の日々は流れ、別れ、親友の死の真相を探るべく少女の孤独な闘いは続く。やがて香織は後輩、ちさとと出会い――。繰り返す幾多の日々の中、ゆるやかに、静かに、そして【殺人鬼編】の幕が開ける。